Hotellets historie går langt tilbage. Den smukke bygning har ændret sig mange gange siden ejendommen oprindeligt blev opført som købmandsgård i 1826.
I 1860 købte Rudolf Jeckel stedet.
Rudolf Jeckel var fra Frederikshavn, og han blev i Skagen strandfoged og strandingskommisær. Hans hverv fik indflydelse på huset gøremål. Grundet de mange strandinger uden for Skagen, måtte de strandede søfolk have kost og logi. Hustruer fra nær og fjern hastede til Skagen for at besøge deres forkomne mænd. Den økonomiske situation for Rudolf Jeckel gjorde, at Jeckel måtte opkræve hustruerne for kost og logi.
Dette blev begyndelsen på et pensionat. Fru Jeckel stod for den daglige husholdning. Hun var frue fra pæn familie. Hun kom fra København og havde derfra erfaring med hoteldrift. Familien fik 3 børn. Deres 2 døtre døde af tuberkulose i en ung alder. Tilbage var sønnen Nicolai, til hvem der blev stillet store forventninger. Han dygtiggjorde sig lige som sin fader ved at gøre et stort arbejde i klitterne i Skagen Plantage. Men også Nicolai mistede de. Han døde i 1900, kun 32 år gammel. Samme år døde også Rudolf Jeckel.
Så tilbage var enkefru Nicoline Jeckel. Hun fortsatte driften af Jeckels Hotel, dagligt kaldet "Badehotellet".
I 1904 var Anna Svendsen fra Læsø, 16 år gammel, på ferie hos fyrpasseren ved Skagen. En dag tog hun ud på Jeckels Hotel og fik en kop the. Dette blev starten på resten af hendes liv i Skagen. Hun mødte den nu 75-årige enkefrue Nicoline Jeckel.